Nació en Arandas, Jalisco, el 29 de septiembre de 1935. Sus padres fueron Don Jesús Martínez y Doña María Trinidad Sainz quienes ya gozan de Dios en el cielo. María de Lourdes, María Guadalupe, Humberto, Martha, José de Jesús, María del Carmen y Eustolia de la Trinidad, son parte de su familia, sus amados hermanos.

La familia cambió luego su residencia a la ciudad de Guadalajara y por tal motivo recibió sus primeras letras en la casa de la señora Trini, luego estudió la primaria en el colegio Anáhuac, de los padres Salesianos y finalmente, la completó en el Colegio Unión de los padres Jesuitas.

En 1947 (Centenario de la Aparición del Señor de la Misericordia) cuando Don Rafael Martínez solo tenía doce años de edad, todavía niño, ingresó al Seminario Diocesano de Guadalajara para estudiar la secundaria, preparatoria y latín. El entonces rector del seminario, Don José Salazar López, lo propone al señor arzobispo Don José Garibi Rivera, para que sea enviado a Roma a estudiar Teología en el Colegio Pío Latino. Allá tuvo como compañeros a algunos que luego serían obispos, como el ahora señor Cardenal Arzobispo de Guadalajara D. Juan Sandoval Iñiguez, el señor Obispo de León Guanajuato Don. José Guadalupe Martín Rábago y el señor Obispo de Aguascalientes Dn. Ramón Godínez Flores.

Esta fue una época muy bonita para él, de mucho estudio y preparación de la que guarda gratos recuerdos.

El padre Rafael Martínez, fue ordenado sacerdote en la misma ciudad de Roma en La Basílica de San Pedro, el 25 de octubre de 1959, por Monseñor Antonio Zamaret que había sido Nuncio Apostólico en Colombia y que por ese tiempo era el Secretario de Gobierno del Vaticano, en ese tiempo el padre Rafael Martínez tenía 24 años de edad.

Por indicación del señor arzobispo se quedaría tres años más en Roma y obtuvo el título de licenciado en Ciencias Sociales. Al regresar a Guadalajara fue nombrado auxiliar de la caja del arzobispado.

Y posteriormente fue nombrado vicario de Tecualtitán,en donde estaría de 1962 a 1970. Sembró ahí la semilla del evangelio con tal fuerza que todos se entristecieron al saber que sería trasladado de nuevo a Guadalajara dado que ya había puesto nuevo rostro a la población.

Ya en Guadalajara fue nombrado párroco en el templo de San Miguel del Espíritu Santo, pero ese mismo año se le anuncia su cambio a la ciudad de Ocotlán, Jalisco, a la parroquia del Señor de la Misericordia, por oficio fechado el 17 de marzo de 1971, su nuevo reto era: Actualizar la iglesia conforme al Concilio Vaticano II.

Inició inmediatamente una restauración del templo parroquial haciéndolo más funcional, siempre limpio, pero sobre todo trabajó desde un principio por unificar criterios impartiendo conferencias y organizando semanas culturales, siempre con acciones evangelizadoras. El templo, la comunidad y la población tuvieron muy pronto, por la evangelización, un nuevo rostro gracias a él.

La educación escolar recibió un impulso decidido en 1972, inició la restauración de la Escuela Hogar, que era una casa vieja, ahí se impartía la enseñanza hasta el cuarto de primaria, por ello compró más terreno, construyó un nuevo edificio y amplió el nivel de estudios incluyéndose la secundaria y se incorporó a la SEP, para que todos los estudios tuvieran valor oficial.

En el año de 1973 vio la gran necesidad de atender a las personas de la tercera edad, construyendo el asilo de ancianos que es el orgullo de Ocotlán. Una obra de esa magnitud pudo llevarse a cabo solo por la Providencia Divina y por el gran carisma de su benefactor ya que el gasto mensual en ese entonces rebasaba los cien mil pesos.

En 1976 el Hospital San Vicente se encontraba en huelga. Pero el padre Rafael obtuvo el edificio y funda un patronato para administrarlo, formando parte de él como tesorero. El hospital quedó funcional y su laboratorio llegó a ser uno de los mejores de la región con un flamante cuerpo médico y un banco de sangre.

El encarecimiento de los productos de consumo hace que en abril de 1984, funde la cooperativa de consumo que se construyó en un local anexo al Santuario de la Virgen de Guadalupe.

Funda luego una guardería, ahí se cuidan niños y se les da alimento, esos niños están internos como una nueva modalidad de orfanato, para extender la caridad a los necesitados e instituye en Ocotlán el organismo de Caritas, en un local anexo al Hospital San Vicente.

Hacia falta la Casa de Ejercicios. Se probaba en casas rentadas pero no se lograba los objetivos. Finalmente hace realidad uno de sus sueños: lograr construir La Casa Pastoral. Luego se encargaría de iniciar la renovación del Santuario de la Virgen de Guadalupe, se hizo una restauración total de la capilla de La Purísima Concepción, bajo la dirección del INAH, también se restauró la imagen que había sido parcialmente destruida y en el Templo del Refugio se construyó la torre, y en el monumento al Señor de la Misericordia se mando hacer un nuevo crucifijo por el artista ocotlense Alfredo Guzmán “FILILLO”.

En marzo de 1989 funda la Escuela de Música Sacra: “Señor de la Misericordia” con el fin de solemnizar los actos de culto y elevar el nivel cultural de la ciudad. De esta escuela se obtienen muchos frutos: licenciados en Música y alumnos en la Escuela Superior Diocesana de Música en Guadalajara. Bajo la dirección del maestro Wilfrido Iñiguez, esta escuela ha ofrecido importantes conciertos y tuvo bajo su responsabilidad la celebración del año jubilar del 150 aniversario de la Aparición del Señor de Misericordia en Ocotlán.

Monseñor Rafael Martínez ha sido reconocido por diversas instituciones y organismos: ha sido dos veces Vicario Episcopal, una vez Delegado Episcopal, miembro del Patronato del Hospital San Vicente, miembro del Consejo de Gobierno del Ayuntamiento de Ocotlán, miembro del Consejo de Vialidad, miembro de los Consejos de la Universidad de Guadalajara y del Tecnológico de Ocotlán.

El 16 de julio del 2002 el padre Rafael Martínez fue consagrado Obispo auxiliar de Guadalajara por el Cardenal Juan Sandoval Iñíguez, en una ceremonia sin precedente celebrada en el auditorio Benito Juárez de la ciudad de Guadalajara a la que acudieron muchas personas de Ocotlán.

Posteriormente en una ceremonia privada en la ciudad del Vaticano en Roma, el Santo Padre Juan Pablo II lo nombró Monseñor Prelado Doméstico de su Santidad, nombramiento que se otorga a un sacerdote que por su trayectoria y sus méritos, recibe esta distinción como uno de los preferidos del Santo Padre.

Todo ello ha puesto en su mirada el valor de una persona a toda prueba, porque su don de gente, su extraordinario trabajo y su amor al prójimo hacen que uno se enamore de su obra, de su ser y de su persona.

Actualmente está cumpliendo sus Bodas de Oro sacerdotales, cincuenta años dedicados al servicio de los demás, acto que será culminado para el día 29 de octubre del 2009 como uno de los momentos seguramente más hermosos de su vida, ya que así lo fue un 16 de julio de 2002 cuando fue consagrado Obispo.